De serie speelt zich af in Zweden rond een 14-jarige jongen genaamd Nils Holgersson. Nils is een nietsnut die alleen maar kattenkwaad uithaalt en dieren plaagt. Op een dag vangt hij een kabouter (nisse), die hem voor straf zelf in een kabouter verandert. Nils ontvlucht als kabouter de boerderij waar hij woont en reist mee met een groep wilde ganzen onder leiding van de legendarische Akka van Kebnekajse naar Lapland. Onderweg leert hij enkele belangrijke levenslessen.

De serie volgt het verhaal uit het boek redelijk nauwkeurig, met uitzondering van het feit dat de vos Smirre in de serie een grotere rol speelt (hij is gedurende de hele serie de primaire antagonist) en dat Nils in de serie ook gezelschap heeft van een hamster genaamd Kruimel.