Het is het jaar 2122. De U.S.C.S.S. Nostromo (Italiaans voor "stuurman"), een commercieel goederenruimteschip, vliegt naar de Aarde met aan boord enkele miljoenen tonnen aan erts. Het schip wordt bemand door zeven personen en een geavanceerde computer, die door de bemanning "Moeder" wordt genoemd. De bemanningsleden zijn de mannen Dallas, Ash, Kane, Parker en Brett en de vrouwen Ripley en Lambert. Aan het begin van de film ontvangt Moeder een onbekend signaal van een nabijgelegen planeet. Moeder verandert daarop de koers omdat ze geprogrammeerd is om bij onbekend signaal op onderzoek uit te gaan. De bemanningsleden Dallas, Kane en Lambert verlaten het schip om de onbekende planeet te onderzoeken. Ze ontdekken er een gigantisch, oud en vreemd uitziend neergestort ruimteschip van onbekende afkomst. De groep treedt het schip binnen en ze vinden het gefossiliseerde lichaam van de piloot van het schip. Alleen is er iets raars met het lichaam aan de hand, het lijkt alsof er een granaat van binnenuit is ontploft want er zit een gat in het skelet waarvan de botten naar buiten zijn gebogen. Kane daalt af naar een lager gelegen ruimte, waar hij in een enorm grote vochtige ruimte komt met duizenden bruin/beigeachtige eieren van een onbekende soort. Als Kane een ei van dichtbij wil bekijken opent het plotseling en er springt een soort slijmerig krabachtig wezen uit. Het organisme dat eruit komt smelt zich door het vizier van Kanes ruimtepak heen, waarna het organisme zich vastzuigt aan zijn gezicht. Kane reageert niet meer en als even later Dallas en Lambert kijken wat er gebeurd is, treffen ze de bewusteloze Kane aan met het krabachtige wezen als een masker om zijn gezicht geklemd. Dallas en Lambert brengen hem snel terug naar het ruimteschip, maar daar weigert Ripley, hoofd van het schip wanneer Dallas afwezig is, hen binnen te laten vanwege de quarantaineprotocollen. Ash laat hen tegen de regels in wel binnen. Dallas en Ash proberen het organisme van het gezicht te verwijderen, maar het blijkt onmogelijk te zijn. Wanneer ze het wezen gedeeltelijk van zijn gezicht proberen af te knippen komt er bijtend bloed vrij dat zich door de vloer van het ruimteschip heen vreet. Het brandt gaten door meerdere dekken van het schip. De bemanning rent naar beneden om te kijken hoe het bloed zich door de dekken heen brandt, maar als ze weer terugkomen om het organisme beter te onderzoeken blijkt het verdwenen te zijn. Kane is vreemd genoeg weer wakker en hij kan zich niets herinneren van voor hij werd aangevallen. De bemanning zoekt nog naar het wezen en ze treffen het dood aan op de grond. Ash onderzoekt het dode organisme en ziet dat het een soort embryodragende levensvorm is. Daarna besluit de bemanning nog even wat te eten voordat ze weer terugkeren in cryoslaap. Maar tijdens het eten wordt Kane ineens ziek, krijgt zeer hevige stuiptrekkingen van pijn, en uit zijn buik boort zich een klein wezentje met een staart naar buiten. (Het soortgelijke lijkt gebeurd te zijn met het lichaam in het gevonden ruimteschip). Voordat de bemanning ook maar een woord kan uitbrengen schrikt het wezen en verdwijnt snel. Om het te vangen besluit de bemanning zich in twee groepen op te delen die ieder apart van elkaar het schip verkennen. Ash heeft een speciaal locatiebepalingsapparaat bij zich waarmee hij het wezen probeert te lokaliseren. Wanneer ze denken het wezen te pakken te hebben blijkt het de huiskat van het ruimteschip te zijn, Jones, die schrikt en vlucht. Brett wordt eropuit gestuurd om de kat te vangen om te voorkomen dat ze hem binnenkort weer voor het onbekende wezen aanzien. Tijdens zijn zoektocht vindt hij de huid van het wezentje. Het wezen lijkt wel verveld te zijn. Brett heeft niet door dat het wezen zo'n anderhalve meter gegroeid is met een lange scherpe staart, vlijmscherpe tanden en een bijtende tong. Hij komt het wezen tegen en wordt gruwelijk om het leven gebracht. Het wezen verdwijnt in de luchtschacht. De bemanning realiseert zich dat het wezen de luchtschachten gebruikt om zich te verplaatsen. Dallas besluit de luchtschacht binnen te gaan gewapend met een vlammenwerper, met de bedoeling het wezen naar een opening te drijven om het de ruimte in te blazen. Met het locatiebepalingsapparaat ontdekt de bemanning dat het wezen zich snel richting Dallas verplaatst. Dallas probeert zich in veiligheid te brengen maar rent rechtstreeks in de armen van het wezen. Ze horen een gil en Dallas verdwijnt van het scherm. Ripley vraagt Moeder advies om het wezen te vernietigen, maar ze krijgt te horen dat het transportbedrijf van het ruimteschip het wezen wil hebben om te onderzoeken, zelfs als dat ten koste moet gaan van de bemanning. Ash valt Ripley aan nadat hij gehoord heeft over het verzoek, maar Parker en Lambert arriveren net op tijd om Ripley in veiligheid te brengen. Parker gaat Ash te lijf met een brandblusser en dan blijkt dat Ash een androïde is, een robot. De drie overgebleven bemanningsleden besluiten de Nostromo te vernietigen en het schip te ontvluchten met de reservecapsule. Terwijl Ripley de reservecapsule gereedmaakt voor vertrek gaan Parker en Lambert op zoek naar koelvloeistof voor de shuttle. Ripley gaat op zoek naar de huiskat, die nog midden in het schip zit. Dan hoort Ripley het gegil van haar collega's, waarna ze naar hen toe rent. Ze is te laat, het wezen heeft hen beiden gedood. Ripley activeert het zelfvernietigingsmechanisme en rent naar de shuttle, waar ze het wezen bij de ingang van de reservecapsule ziet staan. Ze probeert het zelfvernietigingsproces nog uit te schakelen maar ze is te laat. Ripley keert met Jones terug naar de reservecapsule waar het wezen verdwenen lijkt te zijn. Ze is net op tijd weg voor het ruimteschip explodeert. Ripley maakt zich op voor de cryoslaap, maar ontdekt dan dat het wezen zich heeft verborgen in de shuttle. Het lukt haar om het wezen uit de capsule te blazen door de deur te openen. Dan kan ze eindelijk beginnen met haar cryoslaap om te wachten tot ze wordt ontdekt door een ander ruimteschip.